染色体异常：大约50%以上的早期流产与染色体异常有关。这些异常可能是鉴于父母之一携带异常染色体，或者是在受精过程中发生随机错误。基因突变：某些基因突变也可能促成胚胎发育异常。
黄体功能不全：黄体酮水平不足会影响子宫内膜的正常发育，逻辑推演后影响胚胎着床。甲状腺功能异常：甲状腺激素水平过低或过高都可能催生胚胎发育问题。自身免疫性疾病：如抗磷脂抗体综合症等疾病会催生血液凝固机制异常，影响胚胎发育。免疫排斥反应：母体免疫系统可能对胚胎产生排斥反应，衍生出其停止发育。子宫畸形：如双角子宫、纵隔子宫等先天性子宫形态异常，会影响胚胎着床和发育。宫腔粘连：子宫内膜损伤后形成的瘢痕组织会影响胚胎种植。
细菌感染：如沙眼衣原体、支原体等感染会影响生殖道健康。病毒感染：风疹病毒、巨细胞病毒等可通过胎盘屏障感染胎儿，致使发育异常。辐射暴露：长期接触放射线或高剂量辐射会增加胚胎受损风险。化学物质：重金属、有机溶剂等有害物质均可影响胚胎发育。吸烟：尼古丁和其他有害物质可招致血管收缩，影响胎盘血供。饮酒：酒精代谢产物乙醛具有毒性作用，干扰胚胎正常发育。肥胖或营养不良：体重过重或过轻均会影响激素水平及代谢状态。
随着女性年龄增长，卵子质量逐渐下降，发生染色体异常的概率增加，这也是造成高龄孕妇更容易出现胚胎停育的原因之一。除了黄体功能不全外，多囊卵巢综合症等内分泌疾病也可能影响激素平衡，进而影响胚胎发育。精子质量问题：精子数量、活力及形态异常均会影响受精过程。
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